engleski

The role of absolutely conserved tyrosine residue in the catalytic mechanism of metallopeptidase family M49

Porodica metalopeptidaza M49 (porodica dipeptidil-peptidaza III) nedavno je prepoznata kao zasebna porodica proteina na temelju značajne sličnosti aminokiselinskih slijedova svojih članova i jedinstvenog strukturnog motiva, HEXXXH, u aktivnom mjestu. Iako fiziološka uloga dipeptidil-peptidaze III (DPP III) još nije potpuno jasna, pretpostavlja se da je povezana s biološkim procesima regulacije boli, stvaranja očne mrene i obrane od oksidacijskog stresa. Unatoč razjašnjenju kristalne strukture ortolognog enzima iz nižeg eukariota, saznanja o katalitičkom mehanizmu ovog tipa proteolitičkih enzima još su uvijek nepotpuna. U svrhu daljnjeg ispitivanja aktivnog mjesta ljudske DPP III, na osnovi bioinformatičkih analiza odabrana su tri ostatka tirozina (Tyr318, Tyr395 i Tyr644) i ispitana je njihova potencijalna uloga u katalizi. U ovom radu prikazujemo rezultate heterologne produkcije i usmjerene mutageneze ljudske DPP III, koji pokazuju funkcionalnu ulogu Tyr318, jedinog potpuno sačuvanog ostatka tirozina u porodici M49. Posljedica zamjene Tyr318 u Phe je smanjenje kcat za dva reda veličine, ali bez utjecaja na afinitet vezanja supstrata ili kompetitivnog hidroksamatnog inhibitora oblikovanog za interakciju sa S1 i S2 podmjestom enzima. Rezultati ukazuju na ulogu Tyr318 u stabilizaciji prijelaznog stanja tijekom katalize.

peptidase family M49; dipeptidyl-peptidase III; site-directed mutagenesis; protein structure-function

nije evidentirano