hrvatski

Računalom potpomognuta klasifikacija neribosomalno sintetiziranih peptida

U posljednje se vrijeme, u javnosti, pojavilo veliko zanimanje za oblikovanje novih lijekova. Biološki aktivne supstancije za njihovo se oblikovanje sve više traže u genomima i metagenomima sekvenciranih mikroorganizama. Razvijen je čitav niz javno dostupnih baza podataka i bioinformatičkih alata za njihovu analizu. To se posebno odnosi na bioinformatičke alate koji analiziraju genske nakupine, čiji produkti sudjeluju u sintezi sekundarnih metabolita u uvjetima in silico. U ovome je radu sistematizirano znanje o dosada poznatim i detaljno opisanim sekundarnim metabolitima, neribosomalno sintetiziranih peptida i siderofora, radi njihove bolje klasifikacije. Detaljnija klasifikacija omogućila je izradu vlastitih profila proteina za navedene skupine sekundarnih metabolita kojima je unaprijeđen bioinformatički alat ClustScan. Ti su profili testirani na novosekvencioniranom i dosada neopisanom genomu vrste Streptomyces scabies. Na temelju sličnosti genoma vrste S. scabies i dosad anotiranih genoma S. coelicolor i S. avermitilis pretpostavlja se da će anotiranje novog genoma dovesti do pronalaska novih genskih nakupina odgovornih za biosintezu neribosomalno sintetiziranih peptida i siderofora.

Neribosomalno sintetizirani peptidi ; siderofori ; S. scabies ; ClustScan

nije evidentirano