hrvatski

Modeliranje sekundarne strukture proteina - pregled metoda i mogućnosti poboljšanja

Od metode Chou-a i Fasman-a (Biochemistry 1974) pa do danas razvijene su i postavljene na mrežne poslužitelje za besplatno korištenje brojne metode za predviđanje sekundarne strukture topljivih proteina. Chou-Fasman-ova metoda predviđa sekundarnu strukturu pojedinog aminokiselinskog ostatka u proteinu na temelju jednostavne analize sklonosti susjednih ostataka u lancu prema pojedinim sekundarnim strukturama (uzvojnica alfa, beta nabrani sloj). Starije su metode manje složene i lakše se interpretiraju, a razvijene su na manjem skupu poznatih struktura. Novije metode postižu veću točnost, a cijena za to je značajno usložnjavanje algoritama. Zanimljiva zajednička osobina metoda u ovom području je njihovo iznimno često navođenje (citiranje) u znanstvenim radovima. Danas najbolje metode temeljene su na ansamblima (hibridima) pojedinačnih metoda, a najbolji poslužitelji u predviđanju sekundarnde strukture topljivih proteina postižu točnost od preko 80%. U predviđanju sekundarne strukture membranskih proteina osobito se ističe jednostavna i često korištena metoda Kyte-Doolittle (J. Mol. Biol. 1982), analiza hidrofobnosti skupine susjednih 18-20 ostataka, te metode za predviđanje topologije i strukture grupe Gunnara von Heijne-a iz Švedske. Razvojem metode sklonosnih funkcija, koja je dostupna preko mrežnoga poslužitelja SPLIT 4.0., značajan doprinos u ovom području dao je i prof. Davor Juretić s grupom biofizičara iz Hrvatske. Poželjni smjer razvoja u ovom području bio bi pojednostavljenje metoda i pronalaženje što fizikalnije interpretacije, uz što manji gubitak na točnosti.

-.

pozvano predavanje održano na godišnjoj skupštini Hrvatskog biofizičkog društva (Institutu za fiziku, Zagreb, 11. 12. 2012.)